Beyond Compare autorise les administrateurs système à désactiver certaines fonctionnalités du programme en choisissant des stratégies à l'échelle du système.
Stratégies
DisableCheckForUpdates
Lorsqu'activé, Beyond Compare ne testera jamais s'il y a une version mise à jour. Cette commande ne sera pas incluse dans le menu Aide, l'astuce ne sera pas disponible dans le dialogue Options et la notification Nouvelle version disponible... ne sera pas affichée.
DisableRemoteProfiles
Lorsqu'activé, le support de tous les profils de stockage de fichier à distance sera désactivé. Ceci inclut le FTP, SFTP, WebDAV et les fournisseurs tiers de stockage cloud (Dropbox, Amazon S3, OneDrive, etc). Le profil Subversion, qui est en lecture-seule, n'est pas affecté par cette stratégie.
DisableSavedPasswords
Lorsqu'activé, les mots de passe ne seront conservés qu'en mémoire. La coche Enregistre le mot de passe ne sera pas affichée.
Pour autoriser une stratégie sous Windows 
1.Ouvre l'Éditeur de registre Windows.
2.Créer la clé suivante, si elle n'existe pas :
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Scooter Software\Beyond Compare
3.Créer une valeur DWORD avec le même nom que la stratégie (e.g. "DisableCheckForUpdates").
4.Modifier sa donnée à valoir "1" pour l'autoriser.
Utilisez HKEY_CURRENT_USER à la place pour limiter la stratégie de l'utilisateur actuel.
Les stratégies affectent toutes les versions de Beyond Compare qui les supportent.
Lors de l'installation de Beyond Compare, vous pouvez donner le nom de la stratégie à installer par un commutateur pour l'activer par défaut (e.g. "BCompareSetup.exe /DisableCheckForUpdates").
Pour autoriser une stratégie sous macOS/Linux 
1.Créer le fichier suivant, s'il n'existe pas :
/etc/bcompare.conf
2.Ajouter une ligne avec le nom de la stratégie (e.g. "DisableCheckForUpdates") suivi par "=".
3.Ajoute "oui" à la fin de la ligne pour l'activer.
Ajouter "non" au lieu de la laisser désactivée. Toute ligne commençant par un "#" est un commentaire.
L'installation inclut un exemple de fichier de configuration :
bcompare.conf.sample
Sous macOS, vous pouvez trouver ce fichier par un clic droit sur Beyond Compare.app, en sélectionnant Afficher le contenu du package et en navigant vers Contenu/Ressources/.
Avec Linux, ce fichier est dans l'emplacement d'installation, normalement :
/usr/lib/beyondcompare